Pepi là con trai của Teti và Iput, con gái của Unas, vị pharaon cuối cùng của vương triều trước. Ông đã phải nhờ đến sự ủng hộ của các thế lực cát cứ hùng mạnh ở Thượng Ai cập để lật đổ tên cướp ngôi Userkare, kẻ đã giết hại cha của ông và giành lại ngai vàng cho chủ nhân đích thực của nó. Những thế lực này sẽ vẫn có ảnh hưởng mạnh mẽ đến triều đình của ông sau này.

Hai người vợ quan trọng nhất của ông và là các bà mẹ của hai người kế vị của ông (Merenre Nemtyemsaf I và Pepi II) là Ankhesenpepi I và Ankhesenpepi II. Những người vợ khác được biết đến bao gồm Meryetites IV, Nebwenet và Inenek-Inti, họ được chôn trong các kim tự tháp liền kề với của Pepi, và Mehaa, người được biết đến trong lăng mộ của Hornetjerkhet con trai bà, ngoài ra còn có một nữ hoàng tên là Nedjeftet, được đề cập tới trên những mảnh phù điêu vỡ. Ông cũng đã có một con trai tên là Teti-Ankh và hai con gái, Iput và Neith, cả hai đã trở thành vợ của Pepi II.[2]